La începutul anului 1991, echipa fanion a Moldovei în campionatul Uniunii Sovietice, Nistru Chișinău și-a schimbat denumirea în Zimbru.
Din primăvara anului 1992, Zimbru a început să participe în campionatul Moldovei independente, devenind prima campioană națională. În prezent, formația din capitală este singura care a evoluat doar în Super Ligă, câștigând titlul național de 8 ori. De 10 ori chișinăuienii s-au clasat pe locurile doi și trei. În palmaresul echipei mai figurează 6 Cupe și o Supercupă a Moldovei.
Zimbru a reușit să câștige primele 5 ediții de campionat, într-o luptă cu Tiligul Tiraspol. În acea perioadă „galben-verzii” au fost antrenați de Sergiu Sîrbu, Veaceslav Chiricenco și Alexandru Spiridon, iar din lotul de bază a echipei au făcut parte portarii: Sergiu Botnăraș, Denis Romanenco, Vladimir Mura, Vasile Coșelev, fundașii: Emil Caras, Ivan Testmițanu, Vitalie Culibaba, Vasile Toloconnicov, Oleg Fistican, mijlocașii: Sergiu Nani, Alexandru Curtian, Serghei Parhomenco, Radu Rebeja, Boris Cebotari, Vadim Boreț, Marin Spînu, Dinu Caras, Igor Oprea, atacanții: Sergiu Cleșcenco, Iurie Miterev (jucătorul care a disputat pentru Zimbru cele mai multe meciuri (249) și a marcat cele mai multe goluri (129) în campionatul Moldovei), Alexandru Spiridon, Sergiu Chirilov, Vladislav Gavriliuc, Alexandr Suharev.
În sezonul 1996/97 hegemonia celor două cluburi rivale a fost întreruptă de Constructorul-93 Chișinău. Cu toate acestea în următorii trei ani Zimbru iarăși a revenit în fruntea clasamentului.
Chiar dacă a pierdut titlul în 1997, în acel an „galben-verzii”, sub comanda lui Ion Caras, au câștigat în premieră Cupa Moldovei (7-6, la lovituri de departajare, în finala cu Nistru Otaci).
Mai mult, în 1998 Zimbru a devenit prima echipă care a realizat „eventul”, câștigând atât campionatul, cât și Cupa Moldovei (1-0, în finală, cu Constructorul-93). În acel sezon echipa era antrenată de ucraineanul Semion Altman. În anul 2000, Zimbru sub îndrumarea unui alt ucrainean, Aleksandr Skripnik, a câștigat ultimul titlu de campioană.
Dintre jucătorii noi care au apărat culorile clubului în această perioadă să-i menționăm pe Sergiu Epureanu, Serghei Butelschi, Victor Berco, Valeriu Catînsus, Serghei Dodul, Ruslan Ghilazev, Alexandr Grab, Dumitru Gușilă, Levan Gvazava, Constantin Kulik, Veaceslav Rusnac, Andrei Telesnenko, Boris Tropaneț, Serghei Zgura.
Perioada 1992-2000 a fost cea mai prolifică din istoria clubului. Zimbru a fost prima echipă moldovenească care a debutat pe arena europeană. În ediția 1993/94, în turul preliminar al Ligii Campionilor UEFA, zimbrii s-au confruntat cu Beitar (Ierusalim, Israel), 1-1 (acasă) și 0-2 (în deplasare). În ediția 1995/96 „galben-verzii” s-au calificat în 16-imile Cupei UEFA, iar în sezoanele 1999/2000 şi 2000/01 Zimbru a fost la un pas de calificarea în grupele Ligii Campionilor UEFA după ce în în turul trei preliminar a pierdut în fața lui PSV Eindhoven (Olanda), 0-0 (acasă) și 0-2 (în deplasare), respectiv, Sparta (Praga, Cehia), 0-1 (acasă) și 0-1 (în deplasare).
În ediția 2004/05, Zimbru pentru prima dată n-a prins podiumul de premiere, clasându-se pe locul 5. A urmat o scurtă revenire, când echipa doi ani la rând a ocupat locul secund, și o nouă cădere. Abia în 2012 chișinăuienii au ocupat locul trei. Performanță repetată și în 2016. După o pauză de 7 ani, în ediția trecută de campionat, 2022/23, „galben-verzii” iarăși au câștigat medaliile de bronz.
Ceva mai bine au stat lucrurile în Cupa Moldovei, competiție câștigată de chișinăuieni în 2003, 2004, 2007 și 2014, precum și în Supercupă, trofeu obținut în 2014 (1-1, 4-3, la lovituri de departajare, cu Sheriff). De asemenea, în sezonul 2014-2015 Zimbru s-a calificat în faza play-off a Ligii Europa UEFA, fiind întrecută de PAOK (Salonic, Grecia), 1-0 (acasă) și 0-4 (în deplasare).
După cum am menționat, în sezonul 2022/23 Zimbru a urcat pe podiumul de premiere. Echipa din capitală a încheiat prima fază a Super Ligii pe locul 3, cu 19 puncte. În faza secundă, formația antrenată de Lilian Popescu din nou s-a clasat pe locul 3, cu 12 puncte, în spatele lui Sheriff Tiraspol (24 p.) și Petrocub Hâncești (21 p.). Cu 8 goluri la activ Alexandru Dedov, jucătorul „galben-verzilor”, alături de Rasheed Ibrahim Akanbi de la Sheriff, a devenit golgheterul competiției. Astfel, pentru prima dată în ultimii 7 ani, Zimbru a obținut dreptul să evolueze în cupele europene.
Sezonul 2023/24 pare a fi cel mai bun din ultimii 10 ani. Zimbru s-a clasat pe locul 3 în campionat și este foarte aproape de un nou trofeu, Cupa Moldovei Moldtelecom. Finala Petrocub – Zimbru se va juca sâmbătă, 25 mai, pe stadionul Zimbru din capitală, de la ora 20:00.
